La calidad, sanidad e inocuidad de los alimentos en México está controlada a través de los cercos sanitarios, de acciones como las campañas fitozoosanitarias y de normas.

El Sistema Nacional de Inspección está conformado por 36 puntos de verificación e inspección fitozoosanitaria, 19 puestos en cruces fronterizos, 15 en puertos marinos y 28 en aeropuertos, además de tres puntos de inspección militar al norte del país (Querobabi, Jiménez y la Coma), cuya función es proteger a la población de las amenazas de contaminación, plagas o enfermedades de los alimentos provenientes del extranjero vía el turismo, la migración de especies animales y fenómenos meteorológicos.

Los puntos de verificación e inspección federal se encuentran principalmente en el centro y sureste del país, mientras los 311 puntos de inspección interna, ubicados en las carreteras del país, se concentran principalmente en el centro.

En materia de investigación, existe una importante infraestructura: tres laboratorios de referencia nacional, 17 centros de enseñanza e investigación, una unidad para la generación de insectos estériles (Comexa) que ayudan a paliar los efectos de las plagas en Chiapas y una amplia red de laboratorios particulares predominantemente cerca del Golfo de México.

Sin tomar en cuenta las acciones que se realizan para controlar el HLB (enfermedad que afecta a los cítricos provocada por una bacteria), moscas exóticas y plagas bajo campañas fitosanitarias, el Sistema de Vigilancia Epidemiológica Fitosanitaria opera en 28 entidades, combate 30 plagas y cuenta con 817 rutas de trampeo, en las que se han instalado seis mil 852 trampas. Hasta el primer trimestre de 2012 se exploraron 41 mil hectáreas, cinco mil 904 parcelas y 525 rutas de vigilancia.