Instalado formalmente el 15 de noviembre de 2000 como un organismo permanente, autónomo e independiente, el Instituto Electoral del Estado llega a sus primeros 10 años de actividad, con la organización de dos elecciones constitucionales para Gobernador, cuatro para renovar el Poder Legislativo y un número igual para Miembros de los 217 Ayuntamientos, además de tres elecciones extraordinarias.

Las elecciones a Gobernador se realizaron en 2004 y 2009-2010, mientras que las correspondientes a Diputados y Ayuntamientos se efectuaron en los años 2001, 2004, 2007 y 2009-2010.

En el municipio de Molcaxac se llevó a cabo la primera elección extraordinaria en 2002, en Santa Inés Ahuatempan se organizó en 2005 una elección extraordinaria y en General Felipe Ángeles en 2008.

El Instituto Electoral del Estado sustituyó a la Comisión Estatal Electoral a la par que la legislación del estado se reformó al pasar de Código Electoral del Estado a Código de Instituciones y Procesos Electorales del Estado de Puebla, en el que se instituyeron las características y funciones del Organismo Electoral, conformado por dos Órganos Centrales: el Consejo General y la Junta Ejecutiva.

La nueva legislación estableció que el Consejo General esté conformado por un Presidente y ocho Consejeros Electorales con derecho a voz y voto; así como con un representante por cada Grupo Parlamentario en el Congreso del Estado; un representante de cada partido político con registro; el Secretario General del Instituto; el Director General del mismo; y el Vocal Estatal del Registro Federal de Electores del Instituto Federal Electoral.

Entre sus principales atribuciones se encuentran: determinar las políticas y los programas generales del Instituto y expedir los reglamentos, circulares y lineamientos necesarios para el cumplimiento de sus fines; convocar y organizar el proceso electoral así como vigilar la oportuna integración, instalación y adecuado funcionamiento de los órganos del IEE, elegir al Secretario General y Director General y al titular de la Contraloría Interna.

El Consejo General del Instituto Electoral del Estado se ha renovado en una ocasión en virtud del término legal de seis años establecido en la norma y actualmente está integrado por los Consejeros Electorales Fidencio Aguilar Víquez, Juan Carlos de la Hera Bada, Miguel David Jiménez López, Alicia Olga Lazcano Ponce, Paul Monterrosas Román, José Joel Paredes Olguín, José Víctor Rodríguez Serrano y Rosalba Velázquez Peñarrieta.

La Junta Ejecutiva tiene funciones de carácter operativo, como coordinar, vigilar, supervisar, verificar y evaluar el cumplimiento de las políticas del Instituto; es presidida por el Consejero Presidente e integrada por el Secretario General, el Director General y los titulares de las direcciones de Organización Electoral, Capacitación Electoral y Educación Cívica; Prerrogativas, Partidos Políticos y Medios de Comunicación; y Administrativa.

El IEE cuenta además con una Unidad del Servicio Electoral Profesional, que ha desarrollado estrategias y lineamientos tendientes a la profesionalización del personal con el propósito de promover el desempeño profesional y calificado que les permita llevar a cabo la función electoral.

A lo largo de 10 años, el Código de Instituciones y Procesos Electorales del Estado de Puebla ha sido reformado por los Diputados en tres ocasiones: 2003, 2006 y 2009, con el propósito de adecuar el sistema electoral y de mejorar la efectividad y transparencia de los procesos sistémicos existentes en la formación de la representación pública del Estado, así como una mayor eficacia en la fiscalización de los recursos asignados a los partidos políticos y regulación de las precampañas.

Los cambios aplicados en diciembre de 2003 se enfocaron a la revisión y vigilancia del financiamiento de los partidos al establecer la obligación de presentar dos clases de informes: anuales y de campaña, con la finalidad de reforzar la actividad fiscalizadora a través de mecanismos claros que permitan el desarrollo del proceso electoral en un clima de equidad y control de los recursos públicos.

La reforma aprobada el 12 de diciembre de 2006 actualizó el marco electoral en materia de precampañas al incluir su regulación, revisión y vigilancia del financiamiento de los partidos políticos durante las mismas y la pérdida del registro como partido político estatal.

En 2009 se modificó por tercera vez la norma electoral y cambio la fecha para la celebración de la Jornada Electoral, al pasar del segundo domingo de noviembre al primer domingo de Julio, y en congruencia con las reformas a la ley en la materia a nivel federal y a la Constitución Política de los Estados Unidos Mexicanos se estableció un nuevo régimen de prerrogativa en el que se otorga a los partidos políticos el derecho a difundir sus mensajes políticos y electorales a través de los tiempos de que dispone el Estado en todos los canales de radio y televisión, garantizando el acceso gratuito a estos medios, y siendo el Instituto Federal Electoral la única autoridad encargada de administrar los tiempos oficiales.