La Secretaría de Agricultura, Ganadería, Desarrollo Rural, Pesca y Alimentación (SAGARPA) promueve el aprovechamiento sustentable de los recursos pesqueros en el sistema lagunar del Golfo de México, con el fin de proteger el desarrollo y reproducción de 21 especies de interés comercial y gran demanda en los mercados doméstico e internacional. Entre las especies beneficiadas con este esquema del Instituto Nacional de Pesca (INAPESCA) y la Comisión Nacional de Acuacultura y Pesca (CONAPESCA) se encuentran el ostión (principal recurso pesquero de la región),

camarón blanco, café y rosado; robalo; jaiba; cangrejo moro; caracol y mojarra, entre otras.

El INAPESCA elaboró el Plan de Manejo Pesquero del Sistema Lagunar Carmen, Pajonal, Machona, Tabasco, que impulsa la pesca responsable y la protección y recuperación de hábitats estratégicos y de la biodiversidad.
Estas acciones van acordes con los objetivos del Plan Nacional de Desarrollo,  entre los que destaca la aplicación de una política integral que vincule la sustentabilidad ambiental en beneficio de la sociedad e impulso a la productividad en el sector agroalimentario.
Estos programas productivos de INAPESCA y la CONAPESCA buscan otorgar valor agregado a la pesca ribereña, con la participación del Instituto Tecnológico de Boca del Río (ITBOCA) y del Gobierno del estado de Tabasco, instituciones de investigación y gubernamentales y organizaciones pesqueras.
De esta manera se prevé el establecimiento de una planta para el procesamiento de ostión, jaiba y camarón, entre otras especies, la cual permite dar valor agregado a la producción local y beneficiar a mil 372 familias de pescadores.
Este Plan de Manejo Pesquero contribuye al mejoramiento de la calidad ambiental de más de 20 mil hectáreas de espejos de agua y a la recuperación de hábitats estratégicos para la conservación de la biodiversidad (81 especies de moluscos, 27 de crustáceos y 86 de peces).
Considera también acciones de inspección y vigilancia para verificar el uso de artes de pesca autorizados, la extracción de organismos que tengan la talla mínima de captura, la devolución de concha verde y seca para el repoblamiento de bancos ostrícolas y el cumplimiento de períodos de veda.
Establece la capacitación para los pescadores del sistema lagunar, a quienes son capacitados sobre prácticas de una pesca responsable y reciben información de la importancia de mantener los niveles de disponibilidad de las especies para propiciar la conservación de fuentes de empleo.
Como parte del PMP se instrumentan programas para el control de desechos derivados de la actividad pesquera en el sistema lagunar y zonas aledañas.
De forma paralela, se establecen programas de mejora de las condiciones sanitarias en áreas de recepción de productos, donde operan las sociedades cooperativas, lo que da mayor competitividad a la actividad pesquera.
Se desarrolla también un programa de monitoreo y control de desechos de origen industrial, generados por empresas asentadas en el área de influencia de las lagunas. Considera además la puesta en práctica de un programa de contingencia para hacer frente a posibles situaciones de derrames de hidrocarburos en el ecosistema.
Para el seguimiento de este Plan de Manejo, que deberá publicarse en el Diario Oficial de la Federación, se establecerá un Comité de Manejo Pesquero del Sistema Lagunar, conforme a lo dispuesto en el artículo 39 fracción III de la Ley General de Pesca y Acuacultura Sustentables, y se asegurará la participación de las organizaciones pesqueras, instituciones académicas e investigación de los gobiernos Federal, estatal y municipal.