Para su elaboración, la dependencia puso a disposición de productores, organizaciones y legisladores, así como del Consejo Mexicano para el Desarrollo Rural Sustentable, una propuesta institucional, la cual fue enriquecida con sus opiniones y aportaciones.
La nueva estructura programática cuenta con dos programas especialmente diseñados para favorecer el desarrollo de los productores y las unidades productivas de menor tamaño: Programa de Productividad Rural (PPR) y Programa de Apoyos a Pequeños Productores (PAPP).
SAGARPA, a través de la Oficialía Mayor, pone a disposición de los productores las Reglas de Operación 2016 (ROP 2016) de sus programas, mismas que pueden ser consultadas directamente en las páginas electrónicas del Diario Oficial de la Federación (DOF) y de la propia dependencia.
Los programas sustantivos incluidos en las Reglas de Operación 2016 son: Programa de Fomento a la Agricultura, Programa de Productividad Rural, Programa de Productividad y Competitividad Agroalimentaria, Programa de Fomento Ganadero y Programa de Fomento a la Productividad Pesquera y Acuícola.
Además, Programa de Sanidad e Inocuidad Agroalimentaria, Programa de Comercialización y Desarrollo de Mercados, Programa de Concurrencia con Entidades Federativas y Programa de Apoyo a Pequeños Productores.
El PAPP tiene el objetivo de aumentar la producción de alimentos y el valor agregado por unidad de trabajo de los pequeños productores en condición de pobreza, a través de los componentes: Arráigate (FORMAR y Jóvenes Emprendedores); Apoyo a la Productividad de la Mujer Emprendedora (PROMETE); Fondo para el Apoyo a Proyectos Productivos en Núcleos Agrarios (FAPPA), y Extensionismo e Incentivos Productivos, que incluye como subcomponentes al Programa de Incentivos para Productores de Maíz y Frijol (PIMAF) y PROCAFÉ.